亚急性感染性心内膜炎最常见的致病菌是草绿色链球菌，还有一些革兰氏阴性杆菌、肠球菌和立克次氏体，也可以导致心内膜炎的出现。其与亚急性感染性心内膜炎，是感染性心内膜炎中的一种，这种疾病主要出现在结构性心脏病的患者中。
这些结构性心脏病，主要包括室间隔缺损、动脉导管未闭、原有的瓣膜病。瓣膜病可能是多种原因引起，其中以风湿热引起的比较多见。部分患者也可以没有一些结构性心肌病，比如扁桃体感染、呼吸道感染、牙周炎，也可以通过血流，将这些细菌带到心脏中。
细菌寄存在心内膜表面并生长，造成局部感染，从而导致亚急性心内膜炎，亚急性心内膜炎的发病速度、严重程度比急性心内膜炎偏轻。
