明确诊断为鳃裂囊肿，建议1周岁以上患儿手术治疗。如未及时手术治疗，出现急性感染、反复感染可导致脓肿形成。脓肿一旦形成则需切开引流控感染，再择期进行手术，对患儿创伤较大。目前完整切除囊肿和瘘管是唯一、有效的根治方法。对于无症状新生儿期可暂时观察，1周岁后再行手术治疗。对于反复感染的新生儿，需及时控制感染，尽量于下次感染前手术。
手术切口应选择利于病变全部切除部位。对于瘘管较长的腮瘘囊肿，需于腮瘘部位行横切口，如胸壁部位手术，可延伸至颈动脉分叉。下面向上游离，游离到一定程度感觉困难，可于上面再加做一个切口。
