如果孩子短时间内出现急性晨咳，应考虑为感染引起，如果孩子精神状态较好，没有出现呼吸急促、呼吸困难，只是晨咳，可以先口服药物进行止咳、化痰的对症处理，必要时需配合雾化吸入药物进行化痰。通过治疗，如果症状逐渐缓解，说明病情好转。如果经过治疗症状没有缓解，甚至加重，建议及时带宝宝到医院就诊，进一步排除是否继发或合并细菌、支原体、衣原体等病原体感染。如果明确有细菌感染，需加用抗生素治疗，如果有支原体、衣原体感染，需加用大环内酯类抗生素，进行抗支原体、衣原体的治疗。
若经过普通抗感染和止咳化痰的对症处理后，孩子晨咳仍然没有缓解，甚至持续1个月以上，应警惕过敏性咳嗽或咳嗽变异性哮喘等非感染性咳嗽，需进一步完善过敏原，进行肺功能的相关检查。如果确诊为咳嗽变异性哮喘或过敏性咳嗽，应给予抗过敏或抗哮喘治疗药物，才能够真正缓解晨咳。
