肠病检查主要通过化验手段，包括最基础的便常规、便潜血，有时结合便的培养、便的菌群分析。另外，最重要的一个诊断方法是肠镜，肠镜主要是诊断大肠的病变，诊断小肠的病变需要用到小肠镜和胶囊内镜。
在查肠病时，也会结合应用其他的影像检查手段，比如CT、B超、核磁。这些检查手段主要是反映肠壁有没有增厚，可以观察到较大的病变，比如肿瘤、大范围的炎症。但局部的细微病变、要想直观的观察到病变，还是肠镜检查。所以，肠病多种多样，包括感染性、非感染性、肿瘤性、免疫性、功能性。
诊断肠病是比较复杂的工程，需要结合相关的影像学检查、检查手段、化验手段，才能综合进行肠病检查，综合进行判断。不是哪一项单一的检查，能够直接检查出来这些情况，需要综合去判断，才能有效进行相关的检查排除肠病的诊断，这是需要注意的事项。
