甲胎蛋白高，不能因此判定一定是肝癌，因为除肝癌以外，还有其它原因也会导致甲胎蛋白升高，比如急慢性肝炎、肝硬化、胚胎源性肿瘤，首先要排除以上疾病引起甲胎蛋白高的可能性。其次还要注意其它肿瘤也有可能引起甲胎蛋白高，包括胃肠道恶性肿瘤、肺癌、胰腺癌等。
甲胎蛋白高要进一步通过影像学检查，判定肝脏是否出现肿瘤性病变，肿瘤性病变在影像学的综合判定下，是否考虑肝癌的可能性需要进行综合判定，才能确定甲胎蛋白高是肝癌引起。
另外，也要根据甲胎蛋白的趋势来判定，肝癌患者甲胎蛋白会超过400ng/mL，而且会呈现逐渐上升的趋势，与其它良性疾病导致的甲胎蛋白高有所区别。良性疾病导致的甲胎蛋白高的幅度会稍低，而且不会出现持续上升的趋势，一般是稳定在原有水平。
