肝癌晚期通常不建议进行外科的手术治疗，外科手术并不能够显著延长患者的生命，还有可能引起手术相关的并发症。晚期肝癌通常指无法通过外科手术获得根治性治疗的肝脏恶性肿瘤，无论是肿瘤较大、数量较多，或者肿瘤已经合并有血管侵犯、肝外转移，外科手术都不适合这类晚期肝癌的治疗。建议患者通过介入治疗、全身系统治疗，包括靶向药物、免疫治疗等方式使肿瘤得以控制。少部分的晚期肝癌患者有可能通过转化治疗将肿瘤缩小，甚至可能进行再次手术。

对于合并有严重肝功能衰竭的患者，晚期肝癌如果肿瘤较小，可以通过肝脏移植来进行治疗，但能够接受肝移植的肝癌患者数量有限。多数的晚期肝癌患者通过保守治疗来尽量的延长患者生命、缓解患者的痛苦、提高生活质量，而不是盲目的做外科手术，以避免不恰当的手术进一步加重病情，并带来不必要的痛苦。对于部分晚期肝癌需要通过靶向或免疫治疗，可以通过肝脏穿刺来获得肝脏组织病理学检查，有助于诊断和治疗。