食管癌大部分均是鳞状细胞癌，因为食管表面皮附着一层鳞状上皮。临床根据食管癌分化程度分为高分化、中分化、低分化三型。但食管癌不仅只有鳞状细胞癌，还有腺癌，占据比较少的一部分。腺癌的形成原因和食管反流有关。食管反流后，食管黏膜上皮会发生胃型腺体化生，又称为巴瑞特食管，在此基础上发生的癌是腺癌。腺癌通常好发于食管、胃的交界处，所以腺癌比鳞癌少。
除鳞癌和腺癌外，食管癌还有其他少见的类型，比如唾腺来源的肿瘤、腺样囊性癌、黏液表皮样癌、小细胞癌等。小细胞癌是神经内分泌来源的肿瘤，该病恶性程度比较高，形态和肺部小细胞癌形态相同。
