0.01%阿托品滴眼液滴用后副作用如下：

1、瞳孔轻度扩大：导致近处阅读看不清楚；

2、眼睛疼痛：可能影响到眼睛肌肉的反应，出现轻微疼痛；

3、阿托品过敏：出现面部轻微的潮红，或者眼睛轻微充血、发红。

部分孩子随着滴用时间增加，会逐渐适应副作用，但是也有一部分孩子会持续出现副作用，这部分孩子不适合滴用阿托品，只能另选其他控制近视的方法。目前，低浓度的阿托品对大多数孩子都有治疗效果，副作用也不明显。