慢性扁桃体炎可以根治，首先需明确慢性扁桃体炎经常反复发作的原因。如果由于感染因素造成，如易感冒或者经常咽痛、发热伴全身症状，若反反复复，每个月都发生或6次/年以上，伴扁桃体周围脓肿、扁桃体周围炎等。此时症状比较重，具备手术适应症，可以考虑进行扁桃体切除手术，可将慢性扁桃体炎彻底治愈。
如果因其它原因，如由于过敏因素或不良嗜好，如吸烟、饮酒、爱吃辛辣食物等刺激因素造成慢性扁桃体炎，可以考虑针对病因进行治疗。如果由反流造成，可以使用抑制胃酸反流的药物，进行PPI治疗，常用药物有雷贝拉唑、泮托拉唑或胃肠动力药，均可抑制胃酸，减轻刺激引起的慢性扁桃体炎。此外，建议戒除不良嗜好，可以达到彻底治疗目的。
