少数枕大池蛛网膜囊肿体积大，压迫小脑，甚至引起脑脊液循环不畅，才需要进行手术。手术方法有几类，比较常用的是在显微镜下将蛛网膜囊肿切除，并将囊肿的脏层壁和脑池循环打通，这样蛛网膜囊肿内外就能形成较顺畅的脑脊液循环，能够有效避免囊肿复发。部分患者也可以采取相对微创的治疗方法，例如神经内镜下的囊肿开窗、囊肿与脑脊液血管的打通，或者进行囊肿分流手术。囊肿分流手术是将分流管插入囊肿内，另一端引流到蛛网膜下腔，甚至引流到腹腔内。这些手术能够有效降低囊肿内脑脊液的压力，使囊肿逐渐缩小甚至消退。

枕大池蛛网膜囊肿是临床上进行头颅CT、核磁共振检查时，常发现的一类病变，绝大多数枕大池蛛网膜囊肿并不会导致患者出现明显症状，临床上通常也无需特殊手术治疗，只需要定期随诊观察。如果囊肿体积没有增大，也没有对患者脑组织形成压迫，产生神经系统症状，并不需要进行手术治疗。只有个别体积巨大，并且引起症状的蛛网膜囊肿，才需要到神经外科就诊，由神经外科医生确定合理的手术治疗方案。