输尿管肿瘤的治疗首先取决于病理的分级、临床分期，以及肾脏功能的情况等因素综合进行分析，在治疗上，治疗的核心是手术治疗。

手术治疗也可以分为相对较保守的手术和根治性的手术，保守的治疗就是内镜手术，内镜手术往往是由于患者是孤独肾或者双侧病变等，以及病理的级别比较低，而且肿瘤比较小，可以尝试进行内镜治疗。内镜可以以输尿管镜的形式进行，也可以以经皮肾镜的形式进行。

主要的方式目前是输尿管镜的方式更多，通过输尿管镜到达肿瘤部位，然后进行激光的切除，对于内镜治疗，效果可能不太好，但是又考虑保留肾单位的时候，可以考虑部分切除手术，也就是开放手术做输尿管部分切除，然后端对端吻合。

对于下端的，可以做输尿管膀胱的再吻合，标准输尿管肿瘤的根治性手术，过去传统是开刀手术。手术切除的范围包括肾脏、输尿管、膀胱的一部分，整个患侧一半的尿路都被切除，同时也尽可能地清扫周围淋巴结组织。目前开刀的手术逐步地淡出视野。

随着腹腔镜技术的开展，腹腔镜下的是输尿管癌根治术，已经逐渐地成为主流。通过腹腔镜的方式切除患肾、输尿管，以及部分膀胱壁，腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，为患者的治疗带来了好处。