儿童结膜炎根据病因进行治疗，大致情况如下：

1、儿童感染性结膜炎：儿童结膜炎主要适用于儿童用药，首选抗菌素眼药水，如妥布霉素滴眼液，不能使用喹诺酮类滴眼液，包括氧氟沙星滴眼液、左氧氟沙星滴眼液、加替沙星滴眼液。喹诺酮类眼药水，对于儿童的干骺端发育有影响，使儿童的身高受影响，同时其具有肾毒性和耳毒性，儿童结膜炎使用夫西地酸眼药水较安全。病毒性结膜炎，儿童用药和成人无区别，同样使用更昔洛韦眼用凝胶，其使用差别主要是在于剂量、频次，使用剂量减半，成人1天用4次眼药，儿童用药1天2次。同时可以联合眼表修复剂，如碱性成纤维细胞生长因子滴眼液、表皮细胞生长因子滴眼液。儿童结膜炎不建议使用非甾体类消炎药，其对眼表的损害比较大；

2、儿童非感染性结膜炎：主要使用弱效抗菌素眼药水，如妥布霉素滴眼液。同时寻找其病因，根据其病因治疗过敏性儿童结膜炎，主要是避开过敏原，比如花粉、尘螨以及空气污染，其他结膜炎，如眼睑肿胀，或者熬夜没有休息好，只是需要改变作息习惯即可。