B超检查没有明显副作用，因为现在医学所用的诊断超声，在仪器上对安全性的考虑非常充分，每次超声检查对机械指数都有标准设定，目前没有证据证明B超会给人体带来伤害。对于特别娇弱的器官，如眼球检查、孕早期检查，临床所考虑的细节会更多，会降低机械指数，而且会控制检查时间。特别是在早孕时，会建议孕妇不要做过多的超声检查。因此，如果是在常规的检查值范围之内，只是做常规的检查，或者半年做一次超声检查，一般认为不会给人体带来副作用。
虽然超声本身与人体之间有相互作用，称之为生物学效应，常见的有机械效应、热效应、空化效应，但是这些生物学效应往往是在超声的声强比较高、持续的时间也比较长时才会产生，有时甚至可以利用这些性能对人体进行治疗，如海扶刀是利用超声的热效应，对人体良性肿瘤进行治疗。常规做B超检查是诊断用的超声，不会产生以上效应。
