肛瘘可以保守治疗，控制感染，减轻症状。手术治疗目的在于清除感染肛腺，将瘘管以及感染异物清除，尽量保存括约肌和肛管直肠环完整性，减少肛门失禁等后遗症产生。对于单纯性肛瘘，肛瘘处于静止期，肛口肿痛、流脓症状不明显、不频繁，或偶有肛门旁轻微肿痛不适，可以采用中药熏洗、坐浴，以达到清热解毒，缓解症状效果。
此外，应观察肛瘘发展情况，如肛口肿痛反复发作，伴有流脓症状，影响日常工作、生活，并且肛瘘病史较长，建议患者尽早采取手术治疗。手术是彻底治愈肛瘘的唯一方法，如果肛口肿痛、流脓反复发作，可能刺激肛门局部组织造成增生，长时间可导致恶变。
