胃镜与肠镜相比，胃镜比较痛苦。因为胃镜需要突破咽喉部，受检者可能有窒息或疼痛的感觉。但是肠镜检查在拐角处也可以使受检者出现疼痛，一般不严重。

如果采取无痛胃镜或者无痛肠镜方式检查，通常受检者不会出现痛苦，而且操作时间较短、损伤性较小，两种无痛检查痛苦指数没有差异。胃镜和肠镜具有高清晰、直观观察胃肠黏膜的作用，可以很快观察到发病现象，能够及时发现病情，及时采取针对性方法进行治疗。