囊胚移植的成功率大概为33%，即1/3左右，并非每个囊胚均能移植成功，这也是有时放入2-3个囊胚以增加成功率的原因。若放入过多的囊胚且均移植成功而形成多胞胎，发育也会受影响，所以通常会放入1-2个。囊胚移植的成功率还与年龄、进行试管婴儿的次数以及子宫内膜的环境等有关，综合所有因素后的受孕率在1/3左右。
随着试管婴儿技术逐渐发展，某些明确原因的不孕症，如输卵管因素导致的不孕症治疗过程中，试管婴儿的成功率能够达到50%，甚至70%。但部分卵子的质量不佳，或者精子质量不佳等其他原因，也会造成受精卵不易着床，还有应该有胚胎质量的问题。
所以，只有较好的胚胎才可能着床成功，而坏的胚胎，即使着床成功也无法发育长大。
