病毒性脑干脑炎一旦确诊，应该积极处理，因为涉及到脑干，临床表现比较复杂，而且症状比较重，病人常有意识障碍、肢体瘫痪。一般有支持治疗，比如加强饮食、加强护理。抗病毒治疗临床上有阿昔洛韦、更昔洛韦，特殊重症患者可能还要使用丙种球蛋白、激素，比如甲强龙。
为促进恢复还需要脑营养药物，如奥拉西坦、依达拉奉，特殊病人可做高压氧治疗。在恢复期可使用中医中药，有肢体瘫痪患者可以做肢体康复训练，认知功能障碍人群可进行认知功能恢复，比如有癫痫患者可以用抗癫痫药，整体属于综合治疗。一般治疗、重点治疗、康复治疗，尽量减少致死率和致残率。
