病毒性脑炎轻者不会遗留后遗症，如果病情比较重，又没有得到及时治疗，可能会留下后遗症。病毒性脑炎病情轻重差别很大，既有高热不退，也有仅表现为低热，通常都有不同程度的头痛、呕吐、精神萎靡、困倦多睡，重者可有抽搐、昏迷、肢体瘫痪等表现。病毒性脑炎的预后与所感染的病原密切相关，一般病毒感染症状比较轻，不会留下明显后遗症。流行性乙型脑炎发病急、进展迅速，致残率及病死率都比较高。单纯疱疹病毒引起的脑炎病情也十分严重，预后比较差，不少存活下来的病人都留有不同程度的后遗症。主要表现为失语、言语障碍、瘫痪、吞咽困难、癫痫等神经系统损害，也可以表现为痴呆、记忆力及理解力减退、智力低下、表情淡漠、哭笑无常、攻击行为、容易激惹、兴奋、多动等精神行为及认知功能异常，还可以表现为多汗、流涎等自主神经功能失调。
