便秘的治疗比较复杂，因为便秘是一种十分常见、病因非常复杂的疾病。便秘分为器质性便秘或功能性便秘，一般所见的多数是功能性便秘，功能性便秘又分为动力性便秘、出口梗阻型便秘或混合型便秘，因此治疗一定要根据不同病因治疗，一般情况下是通过改变不良饮食和排便习惯做起，多吃粗纤维蔬菜，养成定时排便的习惯。

如果采取这种方法之后还无法改善，需要根据病因选择治疗方式，比如因为大肠蠕动缓慢导致的动力性便秘，又称为慢传输型便秘，可以服用促进肠蠕动的药物。当然现在还有一种比较先进的方法，即骶神经调控，又称为肠道起搏器，也可以通过这种微创可逆的方法进行调控，主要对于慢传输型便秘。

对于出口梗阻型便秘，需要根据不同的出口梗阻因素，是痔疮脱垂、直肠前突还是由于盆底肌的痉挛，选取不同的方法。如果是因为盆底直肠肌的痉挛，往往建议应用生物反馈的方法。如果因为痔疮脱垂或者直肠前突出口梗阻因素，一般经肛进行小手术可以解决。

便秘的治疗还有一种比较新的方法是粪菌移植，因为微生态平衡的打破会引起许多疾病，其中一种疾病就是便秘，因此可以通过粪菌移植来治疗便秘。粪菌移植就是将健康人的大便进行多次过滤以后，将正常菌群通过灌肠或者通过内镜的方法移植到患者的肠道中，调整患者菌群分布，从而达到治疗便秘的效果。