临床上HPV39与亚型HPV16、HPV18、HPV52、HPV58，甚至HPV33这几种亚型相比，在我国，乃至整个亚洲人群，阳性率或者是阳性的检出率确实明显降低。
尽管HPV39在临床上不是最为常见的高危HPV亚性，但仍然被列入高危亚型之一，只要是被列入高危亚型的人乳头瘤病毒，仍然需要根据宫颈的一级细胞学检查结果，或者进行阴道镜下活检，根据活组织病理检查来决定下一步的处理方案以及随诊方案。
整个人群中应用不同的检测方法，HPV亚型在不同地区的分布阳性率不一样，比方在我国HPV52、HPV58高居前两位，甚至有的时候可能远远比HPV16和HPV18更为常见，只能代表在我国这样的一个地区HPV52和HPV58占据主要的病毒亚型，但是不能因为占有率比较高、阳性率比较高，就说明致癌的风险高，也不能说明HPV39的阳性率不是特别高。
