慢性角膜炎有溃疡型和非溃疡型之分，溃疡型和非溃疡型角膜炎的治疗原则主要是尽快控制疾病的进展，减少角膜炎引起的并发症。

溃疡型角膜炎最主要是应用眼表的药物，如果是细菌感染引起，宜使用抗菌类眼药水，如妥布霉素滴眼液、氧氟沙星滴眼液，病毒性的角膜炎使用的一般是抗病毒眼药水，如更昔洛韦眼用凝胶。同时溃疡型角膜炎需要加速角膜上皮的愈合，因此可以使用角膜表面修复剂，如重组牛碱性成纤维细胞生长因子滴眼液、重组人表皮生长因子滴眼液。如果角膜上皮迟迟不愈合，可能会使用自体血清，甚至进行羊膜移植，即通过手术来覆盖，促进眼睛表面，也就是角膜上皮的愈合。

对于非溃疡型角膜炎，通常会使用弱效的抗生素眼药水，比如妥布霉素滴眼液，以及眼表的修复剂。溃疡型与非溃疡型慢性角膜炎的不同之处在于，非溃疡型的慢性角膜炎，在上皮基本完整的情况下，可以使用激素眼药水，激素可以显著缓解角膜基质的炎症反应，减轻角膜基质的水肿。同时在非溃疡型角膜炎的后期，新生血管大量长入角膜基质层，可以运用含免疫抑制剂的眼药水。