肝囊肿开窗术属于相对比较成熟的手术，而且手术的难度并不是特别大，所以相对不良后果的发生比较少，主要就是手术的并发症，即肝脏手术引起出血、感染、胆瘘等一系列的风险。
肝脏的血供非常丰富，在开窗术的过程中，要进行囊壁的部分切除，切除的过程中。如果本身囊腔内就已经合并了出血、感染、胆瘘，发生并发症的风险会较高。如果出现胆瘘，需要针对瘘口进行修补。
某些情况下，因为里面感染严重，会导致整个囊壁充血，血管丰富会导致术后出血的风险增加。
此外，也要注意过大的肝囊肿位于膈顶，这一类的囊肿在行开窗手术后，因为手术后会与膈肌粘连，有可能在后期又形成新的囊性病变，还可能会再形成囊液蓄积，甚至需要再次手术。
所以肝囊肿开窗术大部分没有太大的问题，但是也有小部分会出现不良反应和并发症。
