双肾多发肾结石的治疗相对较复杂，因为在结石的治疗当中可能会造成双肾的引流不畅，严重者可以出现肾后性的肾功能不全，因此在处理上应当相对慎重。但是目前的技术，不管是用自行排石，或者是溶石，或者是手术碎石、体外冲击波碎石等综合治疗下，对于结石的清除没有太多问题。
但是需要强调的是一点，往往这种结石如果经常性的多发或者复发，则要考虑是否存在结石发作的泌尿系统因素。众所周知，在结石的发病机制当中，包括了外界因素、个体因素、泌尿系统因素和尿液的成石因素。如果仅仅处理结石，可以将结石清除干净。但是由于其成石的因素并没有去除，可能在治疗后很快地复发。
在诸多的因素当中，一些疾病往往是引起结石复发的主要因素，比如甲状旁腺的功能亢进、泌尿系统梗阻性的问题，这都是诱发结石复发的原因。因此出现这类问题的时候，应当积极的处理原发病，才是治疗双肾多发结石的主要手段。
