肾囊肿通常没有特意的药物治疗。如果用药，可以选择以下药物进行治疗：
1、托伐普坦：可以抑制肾囊肿的囊液分泌，抑制囊腺分泌之后，囊肿的增大速度会变得缓慢，但是这个药也有缺点，如效果不太肯定，而且服用量比较大。另外价格也很昂贵，大多数中国人会承担不起；
2、抗菌素：很多囊肿长大以后会有出血、感染，如果出现感染，可以用抗菌素，对感染也有一定的控制。
另外，有些病人会有结石的形成，要给病人多喝水，可以结石形成少一点。如果囊肿比较大，一般单侧肾囊肿超过3个，且大小超过5cm，如果还是向内生长，此时需要处理。但此时不是用药物治疗，而是用外科处理。外科处理一般是穿刺抽囊液，然后打固化剂。还可以进行去顶减压术，必要时做囊肿切除等，可以使肾囊肿得到有效治疗。
