拉肚子的时候伴有头疼，原因如下：
1、拉肚子可由感染引起，如果因为感染引起，特别有感冒的时候，病毒感染造成肠道黏膜炎症，引起拉肚子，同时病毒感染会造成全身炎症反应，可能有发热、头痛，跟病毒感染有关。需要抗病毒提高免疫力治疗，要多喝水，吃抗病毒中药、冲剂等；
2、拉肚子由菌群失调引起，或者肠道功能紊乱引起大便偏稀。经常拉肚子造成腹压升高，腹压升高造成椎管内脑脊液压力升高，长此以往造成头疼；
3、头疼的时候要注意跟血压有没有关系，看血压是否正常，是否由高血压引起的头痛。
针对肠道菌群失调和肠功能紊乱，可以用调整肠道菌群制剂以及肠道动力调节剂，不仅能够缓解腹泻症状，同时也达到减轻头痛的目的。
