脑神经官能症的治疗，要根据治疗的效果，反复排除一些器质性病变，以免贻误诊断和治疗。
如果排除一些器质性病因，进行脑神经官能症的治疗，主要是应用一些抗焦虑、抗抑郁的药物，如舍曲林、百优解(盐酸氟西汀)、西酞普兰、艾司西酞普兰、黛力新(氟哌噻吨美利曲辛片)，以及文拉法辛、度洛西汀。
甚至可以应用一些奥氮平、米氮平等进行治疗，可以单药治疗，也可以进行联合治疗。如果还伴有失眠，还可以加用一些镇静催眠类药物，如安定类药物，以及唑吡坦、右佐匹克隆等非苯二氮䓬类药物进行治疗。
部分患者还可以辅助一些中医中药治疗，如乌灵胶囊、安神口服液、安神补脑液等。同时也可以到中医科就诊，进行辨证论治，进行一些非成药的治疗。
建议平时的生活更加规律，适当进行一些运动，同时可以进行一些心理疏导治疗。所以脑神经官能症，建议通过以上综合治疗，会取得比较好的效果。
