疼痛科的疾病从头到脚均有体现，不同的疾病检查也有所差别，最主要做的检查是影像学检查，包括头颅核磁共振，颈椎核磁共振，腰椎CT、核磁、X线片及下肢动静脉超声等。
血液学检查，如血常规、血生化，还有关节炎筛查、自身免疫性疾病筛查、降钙素原、C反应蛋白等。需要明确引起症状的原因属于全身性疾病还是局部因素，是神经卡压因素还是局部软组织因素。
以腰椎间盘突出症为例，X线片明确整体功能，腰椎CT明确神经与骨骼及软组织之间的相对结构，核磁共振检查目的是区别神经根、软组织、脊髓之间比较细微的结构差异，明确疾病属于椎管内因素还是椎管外因素，从而指导治疗。
