核磁共振是比较安全的检查方式，对人体基本上没有伤害。但据现在的研究表明，也会造成生物效应，最主要表现在体温升高，但体温升高一般在超高强磁共振中比较明显。所以在实际工作中要注意如果病人体温高的特别明显，要暂缓做磁共振检查，这是磁共振的副作用。
另外，磁共振的副作用还表现在病人的心理作用。因为在磁共振中，空间一般比较密闭，而且声音比较大，所以会造成病人心理上比较压抑的感觉，可能做完以后出现不舒服的感觉。磁共振做的时间相对比较长，有时被动体位病人可能会感觉到不舒服。体内植入物会对整个图像以及病人的身体造成伤害，甚至造成死亡，如心脏起搏器患者绝对不能够做磁共振。
