扁桃体正常结构呈蜂窝状，通常不会癌变。扁桃体表面存在比较多的小开口，正常情况下不含有分泌物。如果出现慢性扁桃体炎，隐窝内可能会存在分泌物，容易堆积，甚至还会形成结石，堵塞于扁桃体隐窝。对于慢性扁桃体炎的患者，平时即使没有急性发作，扁桃体隐窝内也会存在细菌，形成免疫复合物。此类免疫复合物会入血，随着血液流动，容易沉积在心脏或者肾脏，身体抵抗力稍微低下时，比如感冒或者淋雨后，可能会出现急性心肌炎或者急性肾炎。
对于慢性扁桃体炎的患者，尤其是扁桃体表面经常出现小白点或者结石等，建议尽快将扁桃体切除。切除扁桃体后便不会有慢性炎症刺激，也不会有分泌物、免疫复合物，因此不容易造成心肌炎或者肾炎的风险。对于扁桃体其他病变，比如扁桃体囊肿或者扁桃体乳头状瘤，在进行切除时也会连同扁桃体一起切除。
