通常需要通过抽血检查测量孕酮高低，抽血检查可以判断孕酮水平，尤其在怀孕后要检查血孕酮水平。怀孕后血孕酮水平通常以20nmol/L为界。如果＜20nmol/L，则考虑孕酮过低，通常诊断为先兆流产，需要给予补充孕激素进行保胎治疗。单纯孕酮低如果没有临床症状，没有阴道出血、腹痛等临床表现，是否需要补充孕酮存在争议。部分学者不建议补充孕酮，但目前大部分临床医生出于安全角度考虑，还是给予补充孕激素治疗。因为补充孕激素治疗没有风险，不会对胎儿造成明显影响，但是会减轻流产的风险。
因此一旦孕酮低，大部分医生还是会开孕酮片，孕酮低有时也见于非妊娠情况，有时见于卵巢黄体功能不全等内分泌疾病。在月经周期的第21天左右，查孕酮如果孕酮较低，结合临床症状，比如月经周期缩短，月经总是提前来，诊断黄体功能不全，需要在黄体期补充孕激素治疗。
