慢性肾盂肾炎最严重的并发症是肾功能不全，导致尿毒症。慢性肾盂肾炎和急性肾盂肾炎完全不同，虽然同属于肾盂感染，但是急性肾盂肾炎有明确症状，而且急性肾盂肾炎经过治疗好以后，有相当多部分病人可以好转。

慢性肾盂肾炎是慢性的进展性疾病，大概有一半病人继发于急性肾炎，另外还有一半病人找不到具体病因。病人可能没有明确表现，有的可能有腰部隐痛，有些没有任何疼痛，可能平时有腰麻、腰胀的感觉。

炎症逐渐向前进展，导致肾盂肾盏出现瘢痕，瘢痕收缩后对肾脏组织会造成牵拉，让病人做肾脏超声可以看到肾脏变形。随着肾脏不断受到牵累，病人会出现肾功能不全的情况，有些严重的可以发展到尿毒症。

尿毒症是慢性肾盂肾炎最严重的并发症，发现慢性肾盂肾炎的病人，也可以考虑抗感染治疗。根据尿培养结果选择抗菌素，有时需要给病人小剂量、长疗程的抑菌治疗，来治疗慢性肾盂肾炎，避免严重并发症的发生。