使用呼吸机尤其是有创的呼吸机的并发症，与机械通气、病人的基础体质以及原发疾病紧密相关。长期使用呼吸机可能引起多个并发症例如呼吸机相关性肺炎、肺不张、与呼吸机机械通气相关的肺损伤、呼吸道梗阻以及气管食管瘘、喉损伤、气道损伤、过度通气或通气不足和呼吸机相关性肺损伤等，其中常见并发症如下：

1、呼吸机相关性肺炎：使用呼吸机时气道开放，通过口腔呼吸空气时，部分致病菌不能够在鼻前庭过滤，而直接进入患者体内，便容易形成呼吸相关性肺炎；

2、肺不张：气道形成开放后，气道的纤毛不能够正常的运行，部分气道的分泌物不能及时排除，导致堵塞下面的支气管而形成肺不张；

3、机械通气相关的肺损伤：正压通气可以损伤支气管和肺泡，从而形成机械通气相关的肺损伤；

4、气道、喉损伤：由于气管的压迫气道形成气管、支气管瘘，同时由于气管插管经过喉腔和声带，所以可能会损伤喉以及气管；

5、其他并发症：由于机械通气本身控制的原因，可能造成通气不足或过度通气，长期使用呼吸机后还可能形成呼吸机的依赖。