益生菌并没有特别明确的禁忌人群，因为益生菌是较安全的药物，在一些健康食品中也会添加益生菌。无论是益生菌制剂，还是添加益生菌的营养粉、蛋白粉、酸奶，益生菌相对比较安全，即使作为药物，副作用也较少。理论上过于危重的患者还是应该尽量避免使用益生菌，因为可能存在益生菌通过受损的黏膜屏障入血的问题。但是这些益生菌会不会引起细菌感染所导致的败血症类问题，目前也不明确，所以整体上益生菌比较安全。
虽然益生菌能够起到一定的调整肠道菌群、健康保健的作用，对于一些急性的腹泻也确实有一定的这种治疗的作用，但是也不能滥用。平时可以在喝酸奶或者吃蛋白粉、营养粉的时候添加益生菌，作为一种添加剂相对而言比较安全。如果存在肠道功能紊乱、腹泻等症状，也可以用益生菌药物进行治疗。
