早上起床肾胀痛的原因，常见有以下几种：

1、肾脏疾病：早上起床肾胀痛的患者需要做肾脏超声，观察是否有肾脏病变，如肾积水，或是否由于前列腺增生导致严重尿潴留等，造成膀胱输尿管反流，引起肾盂出现积水、扩张，患者早上起来便会出现肾胀痛，而排尿后此情况又会有所改善；

2、其他因素：如果早上起床肾区出现胀痛、不适，但是在活动后便能缓解，通常与肾脏没有直接关系，可能是由于床垫软硬程度不合适，导致早晨起来腰部肌肉疲劳，通常经过活动便会好转。患者可以更换合适的床垫，或进行热敷、理疗等，均可改善早上起床肾胀痛的情况。