HIV的核酸检测，是诊断艾滋病感染比较准确的检测方法，但是在艾滋病的筛查中，常用的是HIV抗体的检测，而核酸检测仅是用于抗体检测阳性以后的确证的试验，才做核酸检测。核酸检测一般应用于HIV感染者，在抗HIV治疗之前，做核酸的定量检测，或者是在治疗过程中，对于疗效的监测的时候也做核酸检测，以及在治疗以后，定期复查的时候做核酸检测，但是核酸检测不作为HIV常规筛查的检查。
但是对于HIV感染的高危人群，或者有HIV暴露的人群，做艾滋病筛查的时候，要检测HIV的抗体，如果是抗体阳性，可以再做进一步的确证试验的时候，可以做抗体的确证试验，也可以做核酸检测。另外，对于HIV的高危人群，做HIV抗体检测是阴性的时候，为了进一步确定或者排除HIV的感染，除了做抗体的检测，还可以做HIV的核酸检测，进行双保险的检测，可以比较准确地确定和排除HIV的感染。
