大肠埃希菌导致的尿路感染，首选药物为喹诺酮类抗菌素、头孢菌素类抗菌素，喹诺酮类抗菌素常用的为诺氟沙星、氧氟沙星、莫西沙星等。头孢菌素类抗菌素包括头孢二代抗菌素和头孢三代抗菌素，头孢二代常用的是头孢呋辛，头孢三代抗菌素常用的口服药是头孢地尼，静脉输注的药物包括头孢曲松、头孢唑肟、头孢哌酮等。
对于某种特殊的大肠埃希菌，由于会产生β-内酰胺酶，会使较多抗菌素产生耐药性。因此对于产生β-内酰胺酶的大肠埃希菌所导致的尿路感染，通常会选用加用β-内酰胺酶抑制剂的头孢三代抗菌素，如头孢哌酮加舒巴坦钠，或者选用头孢四代抗菌素，如头孢吡肟，以及碳青霉烯类抗菌素，如亚胺培南、西司他丁、美洛培南等。这些抗菌素可以对β-内酰胺酶产生较好的抑制作用，对于产生β-内酰胺酶的大肠埃希氏菌，也具有较好的治疗作用。
