隐匿性阴茎不影响生育，而且隐匿性阴茎对人体影响较小，唯一的影响是疲软时阴茎长度较短，可能影响外观及心理。隐匿性阴茎本质是阴茎躲藏在体表深处，在疲软时看起来较短，在勃起时是可以挣脱周围束缚，勃起时长度并不短。因此，隐匿性阴茎对人的影响较小，甚至不影响性功能，因此也不会影响生育功能。隐匿性阴茎属于阴茎与周围组织关系问题，也可以属于阴茎位置问题，而不属于阴茎发育问题，与睾丸发育、精子生成没有关系。
隐匿性阴茎患者，若不存在勃起功能异常可以进行性生活，也可以完成阴道内射精。若睾丸功能正常，睾丸产生精子的能力也正常，因此隐匿性阴茎患者可以正常产生精子、进行性生活并授孕过程，对生育完全没有影响。如果患者疲软时阴茎短小，自觉不影响美观和心理也无需治疗，只有在改善外观或改善患者心理压力时才需进行治疗。
