胆管癌手术要依据手术切除范围，风险各有不同。肝内胆管癌普通切除可能面临肝切除相关的一系列风险，例如术后出血、术后肝功能恢复代偿功能不全、术后胆瘘、术后感染等。如果肝外胆管癌影响到胰十二指肠切除大手术时，术后并发症会更多。可能因为涉及到重建消化道例如重建胃肠吻合、重建胰肠吻合、重建胆肠吻合，这些所有消化道要重新吻合，术后并发症可能会造成吻合口瘘。
胰瘘是最危险的术后并发症，可能会引起腹腔化学性的腹膜炎，引起严重腹腔感染，导致术后最终手术失败。因为重建消化道以后，消化道蠕动功能重新恢复需要时间，部分患者是所谓的消化道瘫痪，即胃瘫造成进食以后食物动力性不足导致，可能需要长期营养支持以及配合针灸理疗才能逐步恢复。所以手术风险较大，根据手术范围各有不同。胆管癌手术是高风险而且未知系数极高，术后恢复可能较缓慢的手术，是肝胆外科风险较高的手术类型。
