嗜血细胞综合征通常会有严重临床表现，甚至可危及患者生命。所以若不积极治疗，患者寿命只是1-2个月，积极治疗之后，通过某些药物治疗或者通过造血干细胞移植，部分患者可得到治愈，寿命可和正常人一样。对于嗜血细胞综合征，要明确病因，针对病因治疗，最常见病因是感染，严重感染可诱发嗜血细胞综合征。
另外，血液系统肿瘤，如淋巴瘤可诱发嗜血细胞综合征，应积极治疗淋巴瘤原发病，大部分嗜血细胞综合征患者可得到明显改善，可延长生命。还有一类嗜血细胞综合征跟风湿免疫科疾病相关，也要通过积极控制结缔组织病，使患者嗜血细胞综合征得到控制。部分患者存在先天性嗜血细胞综合征基因，基因突变导致嗜血细胞综合征，若在儿童发病，要积极地进行相应治疗甚至基因造血干细胞移植，可以使部分患者得到治愈。
