角膜基质炎并不严重，但个别情况下可发展成较严重的情况。角膜基质炎目前在国内较为罕见，主要是由于胎传梅毒引起的双眼感染。角膜基质炎虽然是梅毒感染，但属于非感染性角膜基质炎症，虽然角膜基质出现严重反应，但角膜上皮细胞完整，通常是由于梅毒感染后引起角膜基质内的一种免疫反应。因此角膜基质内会形成心血管侵入，心血管侵入通常提示角膜组织内存在较强的免疫反应，在临床上可运用激素，甚至包括部分免疫抑制剂，如FK506进行治疗。
临床上常见的角膜基质炎称为盘状角膜基质炎，主要是由于单纯疱疹病毒感染导致，感冒后角膜基质经常形成盘状浸润灶，此类病毒感染与胎传梅毒感染引起的单纯角膜基质炎类似。但单纯角膜基质炎由周边向中央发展，而HSK即单纯疱疹病毒感染引起盘状角膜基质炎，为角膜中央的圆盘，如满月样病灶，二者较好区分。
