对于非淋菌性尿道炎的患者，大多数患者可以治愈。非淋菌性尿道炎的致病微生物，主要是沙眼衣原体和支原体等。对于治疗选择的抗生素，也主要是针对支原体和衣原体，推荐的方案通常是阿奇霉素、多西环素或者左氧氟沙星，这是目前最常用的药物。

对于有些用药禁忌的孕妇，常常禁忌使用多西环素或者喹诺酮类的药物，推荐使用阿奇霉素或者阿莫西林，具体的用药要在医生的指导下进行。在治疗过程当中，应当对性伴侣同时治疗，至少治疗7天之内要停止性生活。

对于时常存在症状或者症状时常反复的患者，的确由于治疗方案有效的并不多，如果存在治疗困难，要针对原因进行分析。如果存在症状，但是没有完全依照最初的治疗方案进行治疗，可以依然采用最初的方案进行治疗。

如果治疗后，与未治疗的性伴侣进行性生活而导致症状复发，也可以按照最初的方案进行治疗。对于难治性的患者，注意有没有存在滴虫感染的可能，可以应用甲硝唑进行处理。

一般治疗的标准是治疗以后临床症状消失，无脓性分泌物、尿液澄清、尿沉渣检测为阴性、宫颈和尿道的图片为阴性、支原体衣原体检测为阴性，这就是达到治愈的标准。