尿道下裂发生与遗传有关，有20%-25%的临床病例明确有家族遗传性，可遗传下一代。尿道下裂患者的兄弟患尿道下裂概率比正常人高10倍，同胞兄弟患病风险大概为12%，故尿道下裂表型越严重，亲属尿道下裂患病比例较高。

若有较严重的尿道下裂，比如阴茎阴囊型、会阴型、近端型，或阴茎弯曲较严重的下裂。在泌尿外科推荐父母与孩子一起进行遗传基因筛查，确定孩子是否携带有尿道下裂相关遗传基因变异，会明确解答该基因是否会传至下一代。