对于肝结石的危害情况需要根据患者具体情况进行分析。如果是单发肝内胆管结实，通常不会存在明显症状，通常通过体检才能发现，这种情况下不需要进行过多特殊处理，只需要定期随诊观察即可。但如果是多发结石，或者结石发生在重要位置，如左、右肝管汇合处，或者位于左肝管或者一侧叶或者段的汇合位置，导致一侧肝脏肝段或者肝叶萎缩，需要积极处理。因为会引起肝脏胆管壁病变，反复炎症修复可能会导致肿瘤的发生。
所以对于合并肝硬化，合并有肝脏萎缩，则一定要进行处理。另外如果肝内胆管结石是弥漫性病变，合并有严重胆管炎，也需要积极处理。通常在进行抗炎时，需要积极想办法将结石清除。总体原则是需要去除结石，通畅引流，尽量减少结石复发。如果结石持续存在、且数量增多，无法完全去除，最后进展到肝脏肝硬化状态。这种情况较为危险，只有肝移植才能够挽救已充满结石的肝脏。而常规办法，如取出结石，切除部分肝脏均不能使疾病得到缓解。
