气管旁憩室通常不会癌变。气管憩室为先天性发育畸形，里面均为正常气管黏膜，上面覆盖普通柱状细胞或鳞状细胞、杯状细胞。通常无炎症、污染物长期刺激时不会出现癌变，且癌变率不比正常的气管黏膜更高。
此病与食管旁憩室不同，食管因为经常进食，憩室里面会经常藏有食物，从而引起炎症刺激等问题，癌变率比气管旁憩室高。气管旁憩室会有小孔与气管相通，进去的是无菌空气，出来的也为空气。多数情况下气管旁憩室里无感染、无慢性炎症。慢性支气管炎或慢阻肺患者，可能有感染或积存大量痰液的情况，此时慢性炎症持续存在，一定时间后可能出现癌变，但几率极低。
