奥硝唑属于第三代硝基咪唑类的抗感染用药，而甲硝唑属于第一代。作为第三代的代表药物，奥硝唑主要针对厌氧菌以及原虫、滴虫感染。
区别就在其作用时间要比甲硝唑的作用时间长，所以相对给药的次数降为12小时/次，甲硝唑给药通常为6-8小时/次，降低了给药次数。
同时由于抑菌浓度或抑菌溶度降低，抑菌作用增强，故给药剂量相对甲硝唑较低，低剂量开始给药。除此之外，对于奥硝唑不良反应，或者致癌、致畸等反应上面，也是比甲硝唑的毒性要低。
在临床上大部分使用奥硝唑与甲硝唑，均为应用抗厌氧菌作用，不同医疗机构会根据不同情况，选用甲硝唑或奥硝唑。奥硝唑与甲硝唑均为处方药，需在医生处方指导下应用。
如果患者使用过程中出现无法耐受的反应，由于为院内用药，可由医护人员进行及时处理，应用较安全。
