颅脑MRA主要有两种方式：一种为不用经静脉注射对比剂，利用血液流动与静止的血管壁及周围组织形成对比，而直接显示血管的，叫直接MRA；另外一种方法为高压注射器注入对比剂，一般为钆制剂，已经成为MRA检查的一个常规技术，对比的同时能够快速MRA成像，类似于CTA，所以称之为增强MRA。
直接MRA与增强MRA各有优势，直接MRA不用对比剂，简便、无创、成本低，对于显示血管非常有价值，已经成临为床上不可缺少的检查方法，主要用于颅内动脉狭窄或闭塞、颅内动脉瘤、脑血管畸形等的诊断，其优点是不需要插管，方便、省时、无创，不需要注射对比剂以及没有辐射等；其缺点是信号变化复杂，容易产生伪影，对于末梢血管的评估准确性不如CTA及DSA。而增强MRA对于血管腔的显示比直接MRA更为可靠，出现血管狭窄的假象明显减少，血管狭窄的程度反映比较真实，与CTA比较类似，可靠性甚至可以跟传统的DSA相媲美，与DSA相比具有无创、对比剂安全、价格便宜等优点。