甲胎蛋白高可能和肝癌相关，但并不是完全和充分的条件，也就是甲胎蛋白高不一定就是肝癌，比如睾丸肿瘤也有可能，而且肝癌也不一定甲胎蛋白就高。
有一部分肝癌甲胎蛋白并不高，比如肝癌主要有两种细胞，有肝细胞性肝癌，大部分肝细胞性肝癌的甲胎蛋白都高，也有个别的肝细胞性肝癌的甲胎蛋白正常。另外一种细胞，比如胆管细胞肝癌，几乎所有胆管细胞的肝癌甲胎蛋白都不高，都是正常，胆管细胞肝癌在原发性肝癌中可能占到10%左右。
除了胆管细胞肝癌外，加上部分肝细胞肝癌，也是甲胎蛋白阴性，所以可能有15%-22%的原发性肝癌，甲胎蛋白都正常，所以并不能因为甲胎蛋白正常而排除一个人是否有肝癌。
