阿莫西林从体内代谢的时间一般与阿莫西林本身药物代谢特性相关，也与患者对阿莫西林的清除能力有一定关系。阿莫西林属于代谢较快的药物，其半衰期通常是1-2小时，从体内清除速度较快。按照药物代谢原理，一般在停药后5个以上半衰期时间，大部分药品可从体内清除完毕。

根据目前研究，服药后6-8小时，60%-70%的阿莫西林可从体内代谢完毕。但为保证患者安全，通常停用阿莫西林2天左右时间后，多数人群才基本代谢完毕。同时阿莫西林代谢与患者自身情况相关，如果患者存在肾功能不全，阿莫西林代谢速度可有所减慢。