肛门囊肿若诊断明确，建议患者到医院就诊，由医生判断囊肿主要的处理方法，必要时可能需切除囊肿，以减少对肛门排便功能的影响。肛门囊肿属于良性病变，但由于囊肿存在会影响肛门功能，尤其可能导致肛门关闭不全，甚至影响肛门的排便功能。从该角度出发，囊肿需要进行手术切除或穿刺抽吸，但具体采用哪种方式需根据患者具体情况分析。
部分患者若单纯进行囊肿抽吸，尽管在短期内症状得到缓解，但容易反复发作，还是应当进行手术切除。肛周疾病通常不会产生非常严重的后果，但经常影响患者的排便功能，进而影响患者日常生活和工作。若有肛周相关疾病，应当到医院询问肛肠科医生，寻求更好的治疗方案。
