肛瘘并不能自愈。肛瘘来自于肛门脓肿，绝大多数情况下先有肛门脓肿，脓肿破溃，脓流出来以后逐渐缓解，即可形成肛瘘。因此，肛门脓肿是急性炎症，肛瘘是慢性炎症。对于肛瘘，目前并没有办法自愈，其治疗只有手术治疗。
部分患者出现肛瘘以后，并没有典型的肛瘘症状，即反复的流脓、流血。肛瘘的位置是属于一个静止状态，此时可能会给患者留下一个假象，以为肛门自愈，其实这只是一个静止状态。
临床上确实遇到过此类患者，即通过肛门检查能够摸到典型的肛瘘结构，也就是皮下典型的瘘管能够摸到。但是患者并没有反复的流血、流脓症状，此类情况是肛瘘保持在静息状态。而这个静息状态，并不明确能够保持多长时间。从目前的临床经验上，可能终究会发作，因此肛瘘其实很难自愈。
